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，原各鄉鎮市衛生所改隸屬于鄉鎮市公所，惟有關衛生技術業務等之推行，仍受衛生局之指導，以期促進鄉村衛生工作普遍發展，至民國63年，各鄉鎮市衛生所奉令再歸隸屬衛生局，形成一完整之公共衛生行政體系。
民國71年7月1日，嘉義市升格為省轄市，縣、市分治，另成立嘉義市衛生局，然因嘉義市衛生局辦公廳舍尚未建造，乃遵奉台灣省政府命令，於嘉義縣治未遷建前，縣、市衛生局暫為合署辦公凡嘉義市之公共衛生業務均由縣衛生局人員兼辦，至民國76年7月1日嘉義縣、市衛生局奉行政院核定正式分署，以原嘉義市衛生所編制人員及本局分署後超編人員，移撥納編為嘉義市衛生局成員，而本局所屬19鄉鎮市衛生所，逐減為18鄉鎮衛生所。
另89年6月21日配合嘉義縣政府組織自治條例及本局組織規程，成立所屬機關嘉義縣立慢性病防治所，受本局指揮監督，辦理本縣慢性病防治業務。
公共衛生行政業務不斷增加，工作繁重已非昔比，本局為提高衛生工作效率，促進縣民健康，並配合嘉義縣縣治遷建計畫，嘉義縣政府於縣治遷建計畫特列預算項下，編列新建本局辦公大樓經費六仟萬，行政院衛生署、台灣省政府衛生處各補助三仟萬元共計一億二仟萬元之經費。
承蒙行政院衛生署張博雅署長、省衛生處林克炤處長指導精心規劃，完成新辦公大樓設計。逐於民國82年在新縣治所在地太保市祥和新村行政中心內發包興建84年12月完工驗收，嗣後本局將有嶄新寬敞之為民服務場所，不但可提高工作情緒與辦事效率，對推展公共衛生業務將有莫大助益，並提昇為民服務品質。 |
